實驗室以教育部“高等學校重點實驗室建設與管理暫行辦法”為指導，結合本實驗室的學科特點，制定了“聯合、開放、流動、競爭”的運行機制。以教育部與五大能源企業共建中國石油大學為契機，與國內多家高校、科研院所及油田企業進行了互利合作，聯合申報并承擔了多個國家科技重大專項課題、973計劃課題、863計劃課題及國家自然科學基金等項目。
實驗室與國外多所大學進行了科研合作，實現了資源、信息共享和優勢互補、學科交叉。實驗室實行固定人員崗位開放，淘汰了部分不能勝任崗位職責的研究人員，調整了部分研究方向固定人員的結構，吸納了新的有生研究力量。
實驗室各研究方向根據研究工作的需要，在學校有關政策的支持下，招聘了少量科研流動人員，加強了研究隊伍的力量，其費用由相關科研團隊從承擔的課題經費支出。實驗室實行設備開放，部分方向以重大項目為依托設立了開放課題，資助了石油工程領域的一些應用基礎問題研究。
實驗室根據各個分室的特點分別建立了儀器設備安全操作規程，并根據教育部的要求更新了網站建設，根據上級主管部門要求上報統計結果。實驗室的科研設施、儀器設備和圖書資料齊全，對外開放。實驗室學術氛圍良好，學術風氣嚴謹，無違反學術道德事件的發生。