3.學科基礎知識的系統性和扎實性不足
學科基礎知識的系統性和扎實性不足即作者掌握的學科基礎知識不扎實、不系統，學科基礎知識薄弱，甚至出現一些常識性的錯誤。
專家評語如“對于學科知識的掌握、運用馬克思主義基本原理分析現實問題的理論思維能力、論文的理論深度以及專業的理論基礎有待加強。（哲學）”“對經濟學理論知識，體育產業基本理論概念、原理及研究方法缺乏最基本的了解和掌握，不具備體育產業研究的理論基礎和能力。（經濟學）”
4.論文結構不嚴謹
論文結構是論文的脈絡框架，只有建構好科學的框架體系，再充實以相應的研究內容，才能形成一篇較為規范的學術論文。論文結構的嚴謹性，是指論文各個章節之間存在明確的邏輯關系，論文結構安排合理。
大量“不合格論文”存在結構不嚴謹的問題，包括論文的結構安排不合理，缺乏嚴謹性和科學性；章節設定邏輯性不強，論文章節拼湊痕跡明顯。
專家評語如“論文結構不合理，論文摘要與導論相似，而論文當中又缺少導論。（文學）”“論文的結構安排不合理，行文內容的邏輯有些混亂，讓人有種‘不知所云’的感覺。（藝術學）”“文中模型和文字拼湊痕跡明顯，缺少內在邏輯。（工學）”
（二）論文規范性欠缺
論文撰寫具有規范性是論文學術規范的基本要求。在本次學位論文抽檢中，論文規范性欠缺是“不合格論文”存在的第二大問題，占比為29%。這一問題在自然科學類學位論文中更為突出。
1.格式不規范
格式規范主要指論文的摘要、關鍵詞、目錄、正文、參考文獻等格式的規范。對格式不規范，專家的意見集中在文章排版不規范、圖表繪制和編制不規范、中英文符號和單位的簡寫不規范，以及摘要、參考文獻、目錄的寫作或格式不規范。
專家評語如“從整體版面來看，文章的完成程度較低，文字排版存在諸多問題，文字字體與格式、段落與行間距、符號公式以及圖表格式均出現不同程度的錯誤，此處不一一列舉，建議將文章從頭到尾仔細排版修正。（經濟學）”
2.語言不規范
論文語言的規范性，集中體現在論文語言表達的準確性、簡潔性與學術性，即需要用學術性的規范用語，將研究內容簡潔清晰的進行表達。在“不合格論文”中，不少論文都存在語言表達不清晰、口語化現象嚴重、寫作不簡潔、標點符號使用不規范、錯別字或翻譯不正確等語言表達上的疏漏。
專家評語如“論文最大的問題是語言問題。語言表達還算流暢，但疏漏和錯誤較多，影響到作者思想和觀點的清晰、準確表達。（法學）”“作者在行文中對學術語言掌握比較薄弱，語法錯誤比比皆是。（管理學）”
3.引證不規范
引證的規范性，是指在論文中引用他人的成果或話語，需要在文中明確注明其確切出處，主要包括標注注釋和列出參考文獻。引證不規范也是很多“不合格論文”的共性問題，包括論文數據和引用文獻沒有標注來源，以及參考文獻的羅列不規范。專家評語如“論文大量引用了已有的研究成果或技術，缺少引用標注。另外，絕大多數文獻只是羅列在參考文獻列表中，并未在文中標出實際引用位置。（工學）”
（三）論文創新性和價值性不高
論文的創新性和價值性，是論文立論的依據與落腳點。論文的創新性體現在研究思路的創新、內容的創新、方法的創新、結論的創新等多個方面；論文的價值性體現在研究結論的可靠性和對現實問題的指導意義上。
論文的創新性和價值性不高，是“不合格論文”存在的第三大問題，占比13%。“不合格論文”在此問題上，主要表現為：
①論文創新性不足，難以區別出與以往研究的不同之處和創新點。
②論文結論缺乏針對性和科學性，沒有達到研究應該有的價值水平；或研究結論不可靠，研究成果價值很低。這一問題在自然科學類學位論文中更為明顯。專家評語如“本論文未能從新的角度切入，也未能提出有價值的新的見解和得出新的結論。（工學）”“所有數據都是通過作者模擬得出的，無法佐證，使得研究結論的可靠性不足。（理學）”“文章最后提出的相關建議，針對性較差，并沒有與前述的案例分析很好地結合在一起。（法學）”
（四）文獻綜述質量較低
文獻綜述是指在對前人相關研究成果進行搜集、整理、分析、歸納和評估的基礎上，確定新的研究問題和研究路徑的書面論證過程。
對前人研究成果的深入了解和評價，是引出新的研究問題和方向的重要前提，也是判斷研究是否有意義的重要依據。文獻綜述的撰寫，直接影響到論文的整體質量水平。而在文獻綜述的撰寫上，大量“不合格論文”都存在參考文獻不足和綜述撰寫水平較低的現象，在論文存在問題中的占比為 8%。
1.參考的文獻數量不足
參考的文獻數量不足、閱讀量不夠，導致很多“不合格論文”對學科或論題所涉及的學科發展狀況和國內外的研究動態了解不夠，無法全面評判該研究領域的研究現狀，也無法準確把握論文研究的落腳點和創新點，致使論文存在低水平重復現象或僅停留在資料和數據的羅列上，缺乏應有的理論深度和高度。
專家評語如“文章是2014年的，但是參考文獻一共28篇，其中21篇中文的，而這21篇中還有6篇來自知乎之類的網站。同時引用的文獻還都比較陳舊，英文文獻最新的就是2011年的。這說明作者沒有深入了解學術現狀，沒有花力氣認真撰寫論文。（法學）”
2.文獻綜述撰寫水平較低
文獻綜述撰寫水平低，直接表現為文獻綜述結構混亂，沒有對相關研究問題的研究脈絡、研究進展和研究不足等問題進行宏觀和深入的把握，僅停留在資料的羅列和簡單的分析上，文獻綜述所得的結論無法支撐文章后續研究的開展，也無法體現當前的研究工作在前人研究基礎上的推進。
專家評語如“文獻綜述里沒有綜述對該研究有益的近年的國際前沿性成果，文獻綜述整體上寫得混亂不堪，無法讓評閱人看出其研究的落腳點和創新點。（工學）”
（五）作者學術態度和行為不端正
作者的學術態度和學術行為的不端正，也是此次論文抽檢發現的較為嚴重的問題，有7%的專家評語明確提到了“學術態度不端正”或“學風不嚴謹”。而從“不合格論文”出現的本質原因而言，都可以歸結為作者學術態度的不端正和學風的不嚴謹。而學術態度和學術行為，是決定研究和論文質量最根本的因素。
在這一問題上，“不合格論文”的表現主要有：
①工作量不足，即論文在撰寫過程中，作者沒有付出必要的時間和精力去完成論文的研究和撰寫工作，而是倉促寫成，敷衍了事。
②存在抄襲現象，即抄襲他人的研究成果或直接照搬相關的文獻資料。
值得一提的是，在“不合格論文”中，有部分論文是被專家直接判定為“完全不符合要求”的論文，即無論是從選題還是研究方法、論文的撰寫等方面，都不滿足碩士論文的基本要求，這些論文無一例外都是由作者學術態度和學術行為不端正所導致的。
專家評語如“論文的工作量明顯不太夠，沒有對所提算法進行復雜性分析，更沒有跟其他相關算法進行性能比較。（理學）”“論文中的2.2 節、2.3節的相關理論基本照搬網絡上的內容。存在著嚴重的學術不端問題。（管理學）”
（六）選題意義和嚴謹性不夠
選題，即選擇論文所要研究的問題。論文選題，一是需要有新意，即有區別于同類研究的不同之處；二是需要有關鍵性，即需要在學科發展中有重要的意義，能夠引起同行的關注；三是需要有可行性，即選題不能太難，要選擇主客觀條件基本具備，通過努力能夠達到研究目標的題目。
“不合格論文”存在的問題中，有5%是在選題上出現了問題，主要表現為：
①選題的意義不大，沒有明顯的研究價值。
②論文選題與所學專業無關，屬于其他學科和專業的研究范疇。
③論文立題不規范，論題太寬泛或所述不明，沒有聚焦論點，無法成文。
選題所存在的問題，人文社科類論文相較自然科學類論文更為明顯。專家評語如“該類選題在人力資源管理和組織行為研究領域已毫無新意，故研究的理論價值很小。（管理學）”“該選題應該歸屬于應用經濟學范圍內，不屬于理論經濟學的選題。（經濟學）”“選題過于寬泛，在論題表述上不規范、不嚴謹。（教育學）”
