2004年9月，同濟大學通過公開招聘，聘任美籍華人學者楊杰為生命科學與技術學院院長、教授。2005年3月，在有關博士點申報材料中，一篇2004年發表于《肺癌》（LUNG CANCER）雜志的論文，被列入楊杰作為第一作者的論文清單。經查證，該論文并非楊杰的成果。文獻檢索所顯示的作者署名縮“J.YANG”，不是“JIE YANG（楊杰）”而是“JUN YANG（楊軍）”。此前，楊杰以第二作者的身份確實在《肺癌》雜志上發表過論文，但所刊出的論文是在填寫博士點申報材料之后，故存在明顯造假。
2005年7月，楊杰在申報長江學者特聘教授候選人的申請材料中，再一次將JUN YANG在《肺癌》上發表的論文列入自己的成果清單。
2006年3月，在申報國家自然科學基金重點和面上項目的材料中，楊杰將他人承擔的國家“十五”攻關項目課題列入其承擔的科研項目欄目。
經校方深入調查后，楊杰的行為背離了一個教育工作者和學者基本的科學精神和誠信操守，違反了學校和教育部《關于加強學術道德建設的若干意見》等規章制度，根據同濟大學與其簽訂的聘任合同的有關條款，2006年3月，同濟大學正式免去其院長職務；2006年6月，同濟大學決定終止與楊杰2007年7月到期的聘用合同，解除其同濟大學教授職務的聘任，楊杰不再從事任何教學事務。